As primeiras descobertas arqueológicas do Brasil datam da chegada dos portugueses à costa brasileira, embora não tivessem o chamado de olhar arqueológico, já que a arqueologia enquanto ciência só data do século XVIII. Existe documentação histórica onde é possível identificar menções à cultura material indígena, o que ajudou arqueólogos a unir essas descobertas a culturas que só podem ser conhecidas por esses registros arqueológicos. Uma dessas descobertas arqueológicas foram as casas subterrâneas dos guaianases, que aparecem na obra Tratado Descritivo do Brasil, de Gabriel Soares de Sousa. Outro exemplo das descobertas arqueológicas desse período são os sambaquis encontrados pelo jesuíta Fernão Cardim. Segundo a pesquisadora Cristiana Barreto, não havia grande interesse em estudar essas descobertas naquele período histórico, e estes objetos acabavam em alguma coleção particular, exceto por alguns esforços dos jesuítas, que buscavam estudar as diferentes culturas indígenas naquele momento. Com a expulsão dos jesuítas no ano de 1759, estes estudos foram interrompidos. Entre a segunda metade do século XVIII e o começo do XIX, muitos naturalistas viajantes estrangeiros também contribuíram para as pesquisas arqueológicas no Brasil e sobre o Brasil. Essas investigações tinham bastante ligação com o propósito recorrente à época de estudar a etnologia e a cultura material, principalmente direcionadas territorialmente à Amazônia. Alguns naturalistas famosos deste período são Franz Keller-Leusinger e Alexandre Rodrigues Ferreira. Destaca-se, neste primeiro período da Arqueologia brasileira, a fundação do Museu Real em 1808, que viria depois a ser reformulado como o Museu Nacional. Seu perfil era próximo de um museu de história natural, servindo como uma base para os estrangeiros viajantes e em expedição. Um dos objetivos do museu era o incentivo à pesquisa zoológica e botânica, mas ele serviu também como um repositório para os artefatos encontrados por pesquisadores diversos, a título de "curiosidades". Um arqueólogo que se destacou bastante neste período foi o dinamarquês Peter Wilhem Lund, um naturalista que teve seus primeiros contatos com o Brasil em 1825, e mais tarde fixou residência em Lagoa Santa, Minas Gerais, em 1834. Lund tinha trabalho focado em zoologia e paleontologia, tendo pesquisado mais de 800 cavernas, documentando e coletando vestígios arqueológicos de animais extintos. Destaca-se a descoberta de Lund de vestígios de ossos humanos na Lapa do Sumidouro, junto a sinais de animais pleistocênicos, o que estabeleceu uma teoria sobre a presença de seres humanos contemporâneos àqueles animais. Essa descoberta foi importantíssima, pois na época não havia nenhuma evidência que sustentasse a presença humana num período tão antigo, de modo que houve muitos debates sobre as possibilidades dessa hipótese de existência humana. Lund defendeu fervorosamente sua tese, que ficou conhecida como a questão do homem de Lagoa Santa
"O que me encanta na arqueologia é o fato de que a gente pode recontar a história de populações que de outra maneira nunca seriam conhecidas." (Walter Alves Neves)
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