Por que jabuticabas nascem no tronco da árvore?

Primeiramente, porque as flores da própria jabuticabeira (Plinia cauliflora) brotam no caule da planta - note que o nome da espécie traduz isso, já que temos cauli = caule + flora = flor. Uma vez que todo fruto é um produto da fecundação dos óvulos no gineceu pelo pólen advindo do androceu, é a hipertrofia do ovário que o consolidará exatamente onde a flor estava locada na planta.

A ocorrência das flores nos troncos das jabuticabeiras pode ser uma estratégia para melhorar a polinização e a dispersão dos frutos, pois que ficam abaixo das copas e isso melhora o acesso dos polinizadores bem como dos animais que lhes apreciam os frutos maduros - como os jabutis que lhe referenciam o nome vulgar (jabuticaba = casa dos jabutis).
Augusto Aragão de Barros, biólogo e farmacêutico. In: Quora

Segue a história "As jabuticabas" de Monteiro Lobato. Vídeo c/ 10:40

"Quando a jabuticaba é pouca, a gente come o caroço". 

Prestenção: 

Consumidas em excesso, dizem que as sementes dessa fruta causam constipação intestinal.